Положение об Управлении утверждено приказом Федерального агентства водных ресурсов МПР РФ от 02 сентября 2004 года № 8.
Основные функции Управления:
1. обеспечение мероприятий по рациональному использованию, восстановлению и охране водных объектов, предупреждению и ликвидации вредного на них воздействия;
2. предоставление права пользования водными объектами, находящимися в федеральной собственности;
3. эксплуатация водохранилищ и водохозяйственных систем комплексного назначения, защитных и других гидротехнических сооружений, находящихся в ведении Федерального агентства водных ресурсов, обеспечение их безопасности;
4. разработка схем комплексного использования и охраны водных ресурсов, водохозяйственных балансов и составление прогнозов состояния водных ресурсов и перспективного использования и охраны водных объектов;
5. обеспечение разработки и осуществления противопаводковых мероприятий, мероприятий по проектированию и установлению водоохранных зон водных объектов и их прибрежных защитных полос, по предупреждению загрязнения вод;
6. оказание государственных услуг по предоставлению информации, связанной с состоянием и использованием водных объектов, находящихся в федеральной собственности;